Это уже много раз обсуждалось в соответствующих темах на форуме и является делом вкуса и архитектуры.
Личное мое имхо, которое не считаю идеальным (т.к. идеальных решений не существует, есть то, что подходит в большей или меньшей степени)
- Портейнер не пользую, не нравится он и как вы заметили, плохо подходит для множества серверов. Я перепробовал практически все, что есть и остановился на komodo
- Я ушел от NPM в на Traefik, но не люблю аннотации и он плохо работает (если вообще работает) с множеством docker инстансов, поэтому реализовал собственную систему упрвления и загрузки конфигов
- Я расписал чем в принципе LXC отличается от VM для приложений
- У меня несколько серверов. Тут либо кубер пользовать, либо Proxmox, вариант с 1 lxc контейнеров для кучи докеров плохо масштабируется (ссылку не найду, но где-то тоже расписывал), под каждый сервис могу использовать разное хранилище, частично закупил и готов поднять linstor кластер для HA приложений на уровне серверов
- Я расписывал детально все варианты в контексте LXC для отдельных сервисов в плане производительности, в том числе alpine и уход от докера на podman для снижения накладных расходов
- Люблю Proxmox и отдельные LXC контейнеры за то, что
6.1. Можно управлять ресурсами приложения в целом, а не отдельного контейнера
6.2. Резервные копии в PBS создаются для каждого сервиса независимо, в случае проблем могу откатить отдельный сервис или поднять его копию, а не всю толпу серсивов
6.3. Есть множество инструментов для дянного подхода, тот же Pulse или Helper Scripts
6.4. Можно делать легкие миграции сервисов между физическим железом, можно настраивать HA и разворачивать по своему экземпляру для каждом сервере и все это средствами самого PVE - Созданием и провижинингом отдельных LXC контейнером занимается Semaphore UI, но про него я еще не писал тут, но скажу, что это работает максимально удобно и быстро
- Пока еще не решил тему минимального LXC, пока на Alpine, но у него есть ряд проблем, смотрю в стороны других решений или самостоятельной сборки минимального debian minbase, тоже не писал тут т.к. пока нет финального варианта