У меня сейчас пробрасываются диски, проблем с этим не наблюдал.
Ну и я вроде уже кидал видео на блогеров, которые пробрасывали именно диски
- Пробрасывают видео
Я думаю, что этой троице стоит доверять больше, чем мне 
Еще можно посмотреть это видео и послушать, что они говорят т.к. там не пробрасывают диски, что-то бегло рассказывают (может как будет время посмотрю внимательно)
Ну и у кого-то из последних 2х (если не ошибаюсь), было видео со сравнением скоростей через HBA и диск, но это искать надо
У меня проблем не было с пробросом дисков (ну только если бокс 
, то и пробрасывается как ), но можно из коробки в коробку перетыкивать диски, менять контроллер и он нормально запускается без необходимости внесения правок в конфиги
Из явных косяков
- Невозможность smart мониторинга в truenas, я обошел это при помощи scrutiny
- В truenas есть управление шпинделем, естественно не пробрасывается
- Без физического диска truenas не загрузится, смена диска (при замене) потребует правки конфигов виртуалкки. Т.е. это явно сложнее и менее надежно в плане запуска виртуалки (я про то, что truenas может запустить пул без диска, а PVE не запустит вообще truenas без 1 из 10 дисков, даже если у вас останется 3 пула полностью “здоровых”
В IOPS/скорости пока не могу сделать сравнение т.к. нет возможности проверить оба варианта на одном железе