Диагностика памяти

а сама база знаний? или она отдельно в db какой-то лежит?

Все зависит от конфигурации, в докере принято персистентные данные выносить в отдельные точки монтирования, иначе, при обновлении контейнера все потеряется

Вот из доки

# Running `docker-compose up` will create/use the "trilium-data" directory in the user home
# Run `TRILIUM_DATA_DIR=/path/of/your/choice docker-compose up` to set a different directory
# To run in the background, use `docker-compose up -d`
services:
  trilium:
    image: triliumnext/trilium:latest
    restart: unless-stopped
    environment:
      - TRILIUM_DATA_DIR=/home/node/trilium-data
    volumes:
      # Unless TRILIUM_DATA_DIR is set, the data will be stored in the "trilium-data" directory in the home directory.
      # This can also be changed with by replacing the line below with `- /path/of/your/choice:/home/node/trilium-data
      - ${TRILIUM_DATA_DIR:-~/trilium-data}:/home/node/trilium-data
      - /etc/timezone:/etc/timezone:ro
      - /etc/localtime:/etc/localtime:ro

TRILIUM_DATA_DIR содержит данные