Целиком бэкапить самый нормальный вариант это что-то типа акрониса с созданием дампа диска.
Но присоединяюсь к вопросу о проблемах бэкапа контейнеров, а то полное бэкапирование гипервизора выглядит слишком кардинальным решением.
Подозреваю, что речь идет об этом Runtipi не работает в start-samohosting