судя по логам DNS сервер reg.ru не отдает нужную TXT запись, посмотрите в админке домена,
- если запись там есть, то проблема с кешированием,
- если записи нет, то проблема с api reg.ru
в качестве альтернативного варианта я активно использую acme-dns. Суть в том, что это отдельный DNS сервер, при регистрации вы получаете файл с кредами от него, а потом надо руками 1 раз прописать CNAME записи в своей админке, которые будут вести на этот acme-dns DNS сервер
+-------------------+
| Let's Encrypt |
| ACME-сервер CA |
+---------^---------+
|
| проверка DNS-01 challenge
|
+---------v---------+
| acme-dns |
| (под управлением|
| пользователя) |
+---------^---------+
|
| CNAME-запросы
|
+-------------------+ |
| DNS Reg.ru |-------+
| (основная зона) | ^
| _acme-challenge | |
| CNAME -> acme-dns | |
+-------------------+ |
|
|
+-----------------+-----------------+
| |
+---------v---------+ +---------v---------+
| Certbot | | Конфигурируемый |
| (у пользователя) | | web/mail/etc. |
+-------------------+ | сервер |
| +-------------------+
| API-запросы
v
(автоматическая
запись token
в acme-dns)